San Lorenzo se inscribe en el bioma de Yungas o Selvas Húmedas: las laderas de sus montañas, cuentan con la presencia casi constante de nubes, fenómeno que se produce por el descenso de temperatura del aire cargado de humedad, que asciende por los cordones montañosos. Esto permite el desarrollo de una amplia biodiversidad, tanto en flora como fauna, destacándose las más de 250 especies de aves.
Por ello alberga varias áreas protegidas que preservan la flora, fauna y el agua del lugar, así encontramos la Reserva Provincial Finca Las Costas, la Reserva Hídrica en la Quebrada de San Lorenzo, la Reserva Privada El Huaico, la Reserva Municipal Polígono “A” y el Área de Conservación del Ejército Argentino, todas con distinta categoría de administración, pero con un objetivo común de preservar los recursos naturales del lugar.